Tal como o raugusto disse, no Photoshop cria uma WebPhoto Gallery automática, onde escolhes o tamanho a reduzir e afins e ele faz a redução de todas.
Como são bastantas levará algum tempo.
Depois em vez de utilizares a galeria em html/flash que foi criada, acedes apenas à pasta dela e copias as fotos reduzidas que queres.
Cumprimentos