A referência multibanco é, já de si, um identificador, que, com um simples boleano, te poderá dizer se foi pago ou não. Essa é a vantagem, já que não necessita de comprovativos e representa uma transacção certa. Justifica-se apenas em negócios que possuam um elevado número de transações por dia, facilitando a identificação destas. Certamente existirá um gateway entre a tua aplicação e a empresa que presta o serviço, para que possas saber logo que o pagamento seja realizado, e assim procederes à activação do serviço.
As comissões deste serviço costumam ser algo elevadas, conforme o Santo indicou.