Não estou muito dentro do assunto, mas acho que o whmcs trata da facturação
cumprimentos,
Não vás por aí.
A facturação do whmcs não é válida para fins fiscais.
O que tu queres saber é que tipo de actividade tens de abrir e quais são os procedimentos não é?
Opta por abrir actividade como empresário em nome individual, não tem custos de "adesão". Não sei se existe um CAE próprio para o que pretendes, mas podes optar por "outras actividades".
A contar que apenas vais prestar um serviço, e não passas os 10mil euros. Não tens IVA nem tens de ter contabilidade organizada. (o que é bem mais económico, em vez de pagares uns 170 por mês, pagas por ano.
Tendo em conta que nunca trabalhaste, tens o 1ºano de isençao de segurança social. Se trabalhas por conta de alguém já tens a SS paga, limitas-te a tratar da tua contabilidade.
Vê é se te compensa.
Abraço
Edit: eu utilizo weo invoice para facturação, bom e gratuito.