Vamos lá ver uma coisa referente à submissão de um site no google por exemplo, o que queremos quando quando fazemos um site é que ele venha o mais à frente possível no motor de busca perante as keywords atribuídas e claro aos assuntos tratados no site, até aqui é simples e exacto e penso que todos partilhamos a mesma opínião. Agora ao submetermos manualmente um site o google a única coisa que vai fazer é analisa-lo consoante os parâmetros que pensamos conhecer (conteúdo, keywords, links externos e todos esses factores... bla bla), quando digo que a melhor maneira é deixar que o google faça a "indexação" do site sozinho, quero dizer que tas a deixar que ele primeiro encontre os links que existem de retorno para o teu site, porque é assim que o bot do google vai lá ter, logo se fizeres um bom trabalho em termos de SEO, só ganhas em não submeter o site manualmente, pois ele já o encontrou e toda a informação referente a ele( links para o teu site, é um dos factores com mais valor para o pagerank e é assim que o bot chega ao teu site)... SEO = search engine optimization, isto traduzido à letra quer dizer, "os metódos utilizados para que o teu site esteja optimizado e preparado para ser indexado da menlhor maneira possível nos motores de busca", logo, pelo menos na minha humilde opinião, obrigares o google a indexar o teu site não tem nada a ver com SEO, como já foi detido em cima, despreso é a melhor maneira de a (google) tratares, porque quando ela vir que já toda a gente te conhece ela tb te vai querer conhecer...
Pelo menos esta é a ideia que eu tenho, submeter os sites em directórios e topsite e troca de links é saudável, agora submeter o site directamente é um erro!