Desisto, é que não posso perder mais tempo em tentativas mesmo
Talvez alguém venha a ter mais sorte do que eu
No meu último teste, criei um ficheiro em php com a função do SSI e charset utf-8, enviei para o servidor e, quando o acedi pelo browser, todos os caracteres estavam correctos. Inseri então esse ficheiro no Joomla e os caracteres voltaram a distorcer. Mudei então o charset para outros encodings mas o resultado foi sempre o mesmo.
Ou é um problema dos templates, ou do próprio Joomla, ou então há alguma coisa que me está a escapar. De qualquer forma vou passar isso à frente porque não tenho mesmo tempo livre para estudar este caso.