Tomahock teres o conteúdo do teu blog na root ou em /blog é indiferente em termos de PR, não prejudica nem ajuda, ou goolge vê-os como dois sites distintos, como tás no inicio não iria prejudicar muito mudar, mas com o passar do tempo torna-se pior!
Para teres PR tens de ter links indexados no google e em outros sites, O PR baseia-se sobretudo nos backlinks para o teu site! Podes adicionar o conteúdo do teu site ao google através do webmaster tools, mas se não existirem links de outros sites para o teu dificilmente conseguirás um bom PR!
Sugestão trocar links com outros blogs do género!