Sobre a questão dos preços que praticas, realmente é chato quando fazemos as contas com IVA, o que costumo fazer é atribuir sempre o preço sem IVA, e quando informo o cliente faço-o indicando o "meu" preço e digo "+IVA"! Apesar de ser achar que é ilegal não incluir o IVA quando informas o preço! os 21% parecendo que não rouba bem um bocado, faz sempre as contas sem eles ao teu preço e só depois atribui o IVA, se vais fazer ao contrário já a contar com IVA vais perder dinheiro!
Quanto ás outras questões muda de contabilista, que estas a ser roubado, hoje em dia podes preencher a declaração através da net (o que não é tão simples ao início, mas depois aprende-se...) é sou dar uma vista de olhos e procurar informação que consegues!