Podes fazer um redirect 301 de todas as páginas que devolvam 404 para a homepage.
Por exemplo, se utilizares wordpress, basta editares o ficheiro 404.php do teu theme (se não existir, cria), apagares tudo e colocares o seguinte:
<?php
header("HTTP/1.1 301 Moved Permanently");
header("Location: https://www.oteudominio.pt");
exit();
?>
Qual a vantagem de fazer isto?
Quaisquer links antigos que apontassem para um artigo que já não existem passam a redirecionar para a página inicial.