Tal como tu prestas um serviço aos anunciantes, serviço esse que facturas e cobras o IVA respectivo, também os webmasters te prestam um serviço, a troco de um pagamento, do qual te devem passar factura.
A lógica é: Se presto um serviço, a troco de um pagamento, tenho de entregar a quem me paga um documento (factura) onde é indicado o serviço e o valor cobrado.
Quanto ao IVA, se prevês durante o primeiro ano, ultrapassar os 10000 euros de facturação, deves cobrar o IVA para entregar ao estado, caso contrario podes ficar isento.