Dominios de topologia geográfica não dão para modificar no WMT...
Respondendo a pergunta inicial:
Um .pt é destinado a utilizadores em Portugal, por exemplo, se tiveres dois sites com conteudo de qualidade, bem construidos etc (digamos que sites "iguais", onde o igual é "dificil de escolher qual o melhor") e um for .com.br e outro .pt, o .pt vai sempre aparecer primeiro em portugal e o .com.br no brasil.
Existem imensos factores que determinam que sites são mostrados a quem, mas a explicação básica é essa.