Esqueci-me de referir que isso é no CS6, no anterior acho que é composition -> make movie ou coisa parecida, make movie é, agora não sei se é nesse separador.
Não, eu tenho CS5 e é o mesmo!
Composition -> Pre-Render, na Render Queue, clicas em Output Module e escolhes o codec do vídeo, o tipo de vídeo, etc etc etc, e no fim, tem um checkbox para meteres audio, seleccionas.
Mas, este tópico é sobre o preview e não o rendering do vídeo, por isso não sei, mas faz um rendering de um para ver se dá som.