Eu também tenho o mesmo problema para um site novo que estou a construir.
A Google diz claramente que ou indicas na webmaster tools qual o target do teu site, ou eles decidem isso por ti com base no top-level domain (.pt, .uk., etc.) e/ou na localização geográfica do IP do servidor de alojamento.
Como no Webmaster tools apenas podes associar um dominio a um país, ficarias "condenado" a um único target geográfico.
Mas a solução até parece ser simples:
Certamente podes alterar o teu script para lidar com isso.
- Outra solução (se calhar melhor em termos de SEO) seria meter regras no .htaccess para lidar com "pt.meusite.com", "en.meusite.com", etc.
Assim ficarias com "subdominios" (uso aspas porque são virtuais) e os motores de busca provavelmente os tratariam melhor.
Ainda não usei estas soluções na prática, mas a lógica diz-me que é este o caminho...