Antigamente eu gostava mais de usar o www. Hoje em dia não. Eu prefiro sem. Fica mais limpo.
Dependendo de como o servidor está configurado, e dependendo de como o seu .htaccess em si está, o site pode não funcionar sem o www.
Eu tenho o costume de nunca digitar o www, somente o domínio direto e fico surpreso com a quantidade de erros 403, 404 ou 500 que recebo.
Quando vamos instalar o WP este sempre seleciona esse fator do mesmo modo que digitamos na barra de endereços ao iniciar a instalação. Se digitar o www, ele inclui, caso contrário ele não coloca. Isso pode ser alterado no painel de administração a qualquer momento. O fato é que se usamos sem o www, e acessamos o site digitando o www, ele remove, e se usamos com o www e digitamos apenas o domínio, ele acrescenta. Ou seja, um direciona para o outro.
O meu site,
http://katie.ro/ está hospedado na hostgator e funciona de qualquer forma, com e sem www. Isso acontece para sites estáticos simples na maioria dos hostings compartilhados que já usei. Podemos sempre remover o www na seção de gerenciamento de DNS, no entanto eu deixo como está.
Quanto ao WPMU, ai a coisa muda, isso porque cada novo blog seria um subdomínio, então não sei exatamente o que acontece com a configuração. Recomendo que faça uns testes.
O fato é que no Google Webmaster Tools tem uma opção onde podemos escolher como desejamos que apareça o nosso site no Google, com ou sem www. Para poder usar esta opção temos que adicionar e confirmar o domínio com e sem www.
Acredito que o Google sabe bem entender que www não se trata de um subdomínio com o mesmo conteúdo, como também ignorar isto para que não seja conteúdo duplicado. Não é o mesmo do que ter dois domínios para um site, o que realmente pode ser prejudicial se não for feito de maneira correta, anulando a indexação do conteúdo de um dos domínios.