Ao principio do desenvolvimento de um site tenho essa preocupação, mas à medida que o site vai crescendo vou-me desleixando um pouco.
Por vezes o fazer o HTML 100% válido tem problemas.
Exemplo:
Preocupo-me sempre com o tamanho das páginas e o colocar ALTs nas IMGs, por exemplo, é algo que faz crescer muito o tamanho da página (se tiver muitas imagens).
Outras vezes é necessário martelar o HTML para evitar certas coisas.
Exemplo:
Quando tive sites alojados em servidores free (
www.1asphost.com, por exemplo) os gajos gostam muito de por links publicitários ou pop-ups do servidor deles. Isso estraga completamente o look da página então adoptei algumas estratégias que tornam, obviamente, o HTML inválido. Por exemplo: terminar todas as páginas com um <span style="display:none"> ou para casos mais sérios, com um <TEXTAREA>

Abraços,