Na minha opinião acho que depende do que pretendes.
Por exemplo faz mais sentido site.com/admin que admin.site.com
Bem como, se o site contiver um blog, que está integrado, faz mais sentido ser site.com/blog que blog.site.com, uma vez que o google interpreta blog.site.com como sendo um "site diferente", e site.com/blog como sendo parte integrante de site.com