Depende daquilo que queres fazer...
Queres ter um player sempre a tocar, sem pausas, enquanto os utilizadores navegam no site?
Se é isso só mesmo através de uma iframe, passando o index.php ou index.php a ter o site site numa iframe e o player no topo.
Se queres apenas ter um player que acompanhe a pessoa durante a visita e que, quando esta mudar de página o player seja interrompido, faz o que o Paulo Gil indicou.
Altera o ficheiro header.php do teu tema e "encaixa" o player onde ficar melhor