Boas,
Eu enviei esta manha um email para o geral e não obtive, até agora, resposta. A minha situação mantêm-se.
Cumps 
Boas!
Sem me querer meter no biz do provedor, o site que está com probs é o spread? Se sim, talvez o provedor tenha alterado a config do server para utilizar suphp.
Se for o caso será necessário alterar a config do htaccess, de cada site, para evitar os Internal Server Error:
- remover as linhas que se iniciem por php_value e php_flag
e/ou alterar as permissões de todas as pastas e ficheiros para 755 e 644. Caso contrário dá erro.
De qualquer forma confirma com o provedor antes de fazeres as alterações.
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Já agora alerto o provedor para o facto de que o avast toca o alarme de alerta para trojans na homepage da empire. Parece mais um caso típico de infiltração no html. Normalmente esta infiltração ocorre via FTP, ou seja, um computador está infectado e utiliza os dados de FTP para carregar o código malicioso.
Cumps,
cjseven