Boas...
Tambem tive esse problema ja que tinha contas adsense diferentes das contas do analytics, tentei de varias formas e a única que funcionou foi quando fiz a ligação do adsense com o analytics com a mesma conta de email.
Se o seu email do adsense é diferente do email do analytics não deve funcionar (pelo menos eu não consegui) se esse for o caso é necessário pedir ao google para remover o link entre as duas contas, é um processo simples e leva entre 2 a 24 horas, para pedir a remoção do link visite;
https://www.google.com/adsense/support/bin/request.py?contact_type=analyticsunlinkUma vez removido basta fazer o link com a conta correta de deve funcionar.
Se você tem vários sites e quer ligar a uma única conta adsense, todos os sites devem estar na mesma conta analytics, quando você fizer a ligação entre contas o google vai perguntar qual é o site(perfil) principal no analytics para linkar a conta do adsense, o site principal pode ser qualquer um, geralmente escolhe-se maior e mais complicado para actualzar o código.
Para o site principal não é necessário nenhuma alteração do código analytics que já estamos acostumados, para os sites secundários, é necessário adicionar o código normal do analytics (no footer) e um código adicional (no cabeçalho) de cada página.
As vezes o analytics reconhece automaticamete os sites e outras vezes é necessário "ligar" a opção para o adsense no perfil do site.
boa sorte
