Por defeito, só podes ter um categoria-mãe para cada categoria no wordpress, logo torna-se inviável a categoria X na árvore da A e B. 
O ter categoria mãe foi para explicar melhor, porque no fundo seriam todas categorias "principais"
Não sei se estou a perceber bem,
Listar as categorias (sub-categorias) de várias categorias (categorias).
Criava uma página (template de página) para cada sub-categoria, e selecionava as subcategorias manualmente através dos ids.
Para ter usabilidade, criava um menu, onde listava as páginas que agregavam todas as sub-categorias.
Será solução?
Isso não da, se são muitas categorias...
Volto a explicar a ver se entendem:
Imaginem que tenho o seguinte menu / Info a aparecer quando clicam no link (select a base de dados)
Categoria A / select post category=A
-- Categoria x / select post category=A and category=x
Categoria B / select post category=B
-- Categoria x / select post category=B and category=x
Isso acima é o que pretendo que aconteça, pois por defeito no wordpress acontece o seguinte:
Categoria A / select post category=A
-- Categoria x / select post category=x (vão aparecer posts que pertencem a categoria A e B)
Categoria B / select post category=B
-- Categoria x / select post category=x (vão aparecer posts que pertencem a categoria A e B)