Queres que por fora não sejam mesmo visualizadas ou que não listem os ficheiros? ou seja, se tiveres lá uma imagem, não dê para abrir, se tiveres um ficheiro php possas fazer o include, mas ninguém consegue aceder ou que cheguem a essa pasta e não consigam ver nada, mas se colocarem o link de algo já conseguem?
Para não lista, coloquem um ficheiro index.html vazio dentro da pasta.
Se queres limitar mesmo o acesso, adicionas no .htaccess algo deste género:
IndexIgnore .htaccess */.??* *~ *# */HEADER* */README* */_vti*