Boas,
É como te digo, é a tua visão e eu não vejo mal nenhum nela, porque como referi concordo que queiras mostrar os teus trabalhos no portfólio pessoal. Mas tens de respeitar a visão/opinião de outras pessoas, sejam elas do teu agrado ou não. A vida é feita de escolhas, por vezes não se pode olhar só para o nosso umbigo.
Cada empresa tem o seu método de trabalhar, à partida a empresa fez-te uma proposta certo? Agora tu aceitas, recusas ou negoceias, tens todo o direito em querer mostrar os teus projectos no portfólio pessoal, mas a empresa não aceita esse ponto, portanto tenta chegar a um acordo com eles.
Repara que se analisares muitos CV's de freelancers vais ver que muitos não incluem referências devido a acordos existentes, mais uma vez, tudo varia de caso para caso.
Esta é apenas a minha opinião, espero que não leves a mal o que disse.
Cumprimentos,
Ricardo