O Google é manhoso. Sabe que vem tudo do mesmo IP, link building do mesmo IP, penalizações.
As coisas não são bem assim. Se os sites forem relacionados e se o leitor ao ir de um para outro tiver uma boa experiência de utilização (bom conteúdo, relevante, que lhe interesse, etc), não é o IP que te vai prejudicar no Google.
Aliás, basta pensares do ponto de vista do utilizador, que o Google gosta muito de evocar, para verificares que essa perseguição aos IP's não é para "levar tudo à frente", há casos e casos. Se é bom e relevante para o leitor não podes ser penalizado por isso.
Já agora usar o mesmo template, prejudica-me?
Quando perdes posicionamentos há inúmeros fatores que podem ter influência. No caso do theme, poderás começar por verificar, por exemplo, se tens links ocultos ou para sítios menos recomendáveis - existem templates free que trazem esse lixo com eles.
Relê as guidelines do Google e verifica tudo ao pormenor, mesmo que não encontres nenhum erro evidente, podes encontrar diversos pormenores que podiam estar melhor e isso vai contribuir para voltares a subir.