Olá Pedro, bem-vindo ao +tráfego!
Eu diria que existe uma vantagem em fazer isso no Cpanel, desde que seja um permanent redirect (301)
Os temporários (302) desaconselho vivamente, uma vez que, podem deixar os bots dos motores de busca algo confusos.
Quanto a javascript, o melhor é nem pensar nisso, por duas razões:
1- a maior parte dos motores de busca não leem javascript;
2- aqueles que potencialmente poderão entender esses código, banem-te o dominio, por que julgam tratar-se de cloacking - uma técnica bastante utilizada por spammers
