Por ser deprecated não vai deixar de funcionar, e os warnings podem-se ocultar, no entanto parece-me que o php5.3 está cheio de bugs, ninguém teve problemas com o sqlite e pdo?
O php6 parece-me pouco mais do que utf-8 based, será uma boa evolução, mas de novo não vai acrescentar tanto como a passagem do php4 para php5.
Eu acho que existe ainda um grande problema, grande parte dos programadores de php aprenderam editando scripts já feitos, e a utilização de classes que é o que mais tem evoluído é muito pouco usada ainda, mesmo em CMS bastante conhecidos, o que acaba por dificultar a descoberta dos bugs relativamente à programação com objectos no php.