Existe uma grande polémica à volta do XHTML, visto este não ser compatível com alguns browseres e tem que ser «convertido» para HTML. É daqui que vem a dita polémica, que o XHTML «transformado» não é HTMLvalidável pelas normas W3C - discordo com isso.
Se usarem HTML 4.01 usem sempre o «Strict», porque obriga a codificar todo o HTML de forma correcta. O «Transitional» permite alguns atalhos, é mais fácil de codificar, mas aí é que começam as chatices, porque se acaba com uma data de lixo em vez de html válido.
No XHTML, ainda que usando o «Transitional» é mais restrito que o HTML 4.01 e obriga a uma codificação correcta/limpa, e a grande vantagem é que a mesma codificação funciona logo nos browsers quase todos.
O XHTML «puro» usa a norma XML e permite que a interface funcione como uma «aplicação» e todos elementos podem ser acedidos usando a notação XML/X-Path, daí que tenha que ser convertido para «text/html». As desvantagens são que a maioria dos browsers não consegue usar esta funcionalidade «xml/application», e se aceitassem a maioria dos scripts/javascritps deixariam logo de ser válidos para ele.
POr fim é boa prática usar tanto o HTML Strict e, preferencialmente o XHTML, porque no fundo o HTML5 será a nova versão do XHTML, e onde terão que se cumprir rigorosamente todos as regras de codificação - os atalhos tarde ou cedo trazem problemas, tornando-se caminhos mais longos.