Vou tentar dar uma explicação básica sobre o funcionamento dos domínios e venda dos mesmos.
Um domínio é um nome na web, sendo algo do género xxxxx.tld, em que o tld pode ser algo como .pt, .com, .net, etc. Existem os gtlds e os cctlds, os primeiros (gtlds) são designados como genéricos, podem ser registados por qualquer pessoa, os segundos (cctlds) são dos vários países do mundo em que por vezes têm restrições, como por exemplo os .pt que apenas podem registar se tiverem marca ou empresa com esse nome.
No topo da Hierarquia existe a ICANN, é a entidade que regula os domínios, e depois existe os "Registry" que são os donos dos .tld (Existe vários registry's para as várias terminações), depois existem os Registrares que obedecem a regras do ICANN e do Registry e estão autorizados a alugar domínios sobre essas regras, e por fim existem os revendedores, que são a maioria das empresas que vendem domínios (Em Portugal neste momento é só revendedores, sendo que mesmo lá fora a maioria são revendedores).
Quando compras um domínio a uma empresa de alojamento o mais certo é essa empresa de alojamento não ser um Registrar e sim estar a comprar a um por ti, isto pode-te compensar porque os revendedores de domínios conseguem melhores preços ao adquirir um grande número de domínios e assim fica-te mais barato comprar num revendedor do que directamente ao Registrar.
As transferências de domínio só podem ser feitas entre registrars diferentes, logo se 2 revendedores comprarem ao mesmo registrar não vais conseguir transferir o domínio, mas sim mover os serviços, e deste modo pagas 0, pelo que deverá ser a primeira questão a fazer, dizes os domínios e perguntas se o registrar é o mesmo e se ao transferir se paga algo.
A configuração de um domínio é feita apenas com os nameservers, estes vão apontar o domínio para um servidor de dns, que pode ser o do alojamento ou pode ser outro qualquer.
Se tiver algo confuso diz.