Se é um servidor Virtual, e dependendo da tecnologia usada, o problema pode nem ser teu mas sim do node. A melhor forma de resolver é alistar a ajuda do teu fornecedor que tem mais ferramentas ao seu dispor do que tu para te ajudar.
De qualquer modo, entrando via SSH e usando o top, ps aux, etc, e fazendo um trace aos processos encontras concerteza pistas sobre o que é que te está a consumir mais recursos.
Saudações