Para registo .pt, podes seguir uma via ou outra. Mas sendo que queres registar o .pt com um nome diferente da empresa, não é possível.
Portanto podes criar uma marca em nome da empresa, para depois criares o .pt, sendo que podes passar facturas com o logótipo da marca, mas em nome da empresa.
Para poderes registar o .pt, a marca não pode ser mista.