Se quiseres fazer apenas: .header {display:none;}
podes colocar num ficheiro .css, verifica qual é que é usado em todos as views.
o style.css que está na pasta do template não é, esse ficheiro é mais informativo.
Tens várias formas, desde inserir num ficheiro .css, ou colocar:
<style>.header {display:none;}</style> no ficheiro header.php, dentro da tag <head>