Não tenho experiência em AwStats, mas do meu conhecimento existem duas metodologias para obter métricas web:
- logfile analyzer: que é software se instala no servidor
- page tag: que é código colocado nas páginas e envia os dados para um determinado software
O AwStats é um "logfile analyzer" que se instala no servidor. Assim, o AwStats pode medir logo todas as visitas ao servidor. Também acontece que os logfile analyzers façam a contagem de visitas baseadas em IP do visitante... duplicando dados quando o visitante usa IPs dinâmicos (não sei como o AwStats lida com isto).
Por seu lado, o Google Analytics é um page tag analyser que, como é baseado em cookies, está dependente de factores como se o utilizador tem cookies ativos no seu browser, se limpou recentemente os cookies, etc. Também algumas firewalls podem dificultar a recolha de dados.
Só essa diferença de metologias gera dados muito distintos.
As web metrics devem ser sempre analisadas em prazos alargados, olhando mais para tendencias do que para valores absolutos...
Espero ter ajudado.
Um bom livro sobre isto é "Advanced Web Metrics" de Brian Clifton.