é no directório de raiz, e o servidor tem a função activa, aliás tenho vários sites no mesmo servidor e todos funcionam perfeitamente com SEF, neste caso é que não, o script é comprado e a empresa que dá suporte não me resolve o problema, o ficheiro .htaccess está como me foi entregue ao comprar a licença, mas estive a dar uma olhada e parece estas tudo bem, por isso coloquei aqui para que me digam de vêem alguma coisa que eu não vi que esteja mal, ou se falta algo.
Se retiro a função RewriteRule ^(.*)$ main.php?sef=1 [L,QSA]
começa-me a dar erro 404, ou seja acho que o redireccionamento para a main page é por causa de dar erro 404, para não apresentar o erro direcciona.
Mas não vejo qual o motivo para isso acontecer, o erro 404 deverá ser causado por alguma função erronea, mas não sei qual.
O suporte ao cliente da empresa que me vendeu o script é uma porcaria, apenas dizem que o problema tem que ser no servidor e para contactar a empresa de alojamento, mas no servidor parece tudo ok e outros sites que são em wordpress rolam de maravilha.