Chamar de "fantástico" o painel de hosting da godaddy é ficar curto. Eu diria mesmo que é "uma fantástica bosta".
Isso que mencionas devia estar a ocorrer automaticamente.
Insere isto no ficheiro .htaccess da pasta para onde aponta o domínio.
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.(.*)$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://%1/$1 [R=301,L]