Existe uma alternativa que cheguei a usar à uns tempos num VPS de um sócio que era o kloxo da LxCenter.
Mas sejamos sinceros, se queremos fiabilidade, estabilidade, segurança e uma boa diversidade de plugins, não há nada como o cpanel. Para quem quer ter apenas alguns sites de consumos de recursos normais, nem deve se meter num VPS, um alojamento partilhado estável é melhor e mais económico, tendo assim acesso ao cpanel e até mesmo a outras funcionalidades e segurança porque são geridos por pessoas que sabem do assunto e tentam sempre evitar vulnerabilidades.
Eu por exemplo fui aguentando os sites em diversas contas de alojamento partilhado, quando alguns sites cresceram e estavam a precisar de mais recursos, adquiri um servidor dedicado e preferi pagar os 25euros mensais do cpanel (que era o que eu estava habituado) do que arriscar com paineis gratuitos que ainda tinha que aprender a usar e dos quais não conheço vulnerabilidades. O cpanel além de outras vantagens tem também plugins/addons muito úteis que muitas vezes não são completamente compatíveis com outros paineis.
Se trabalhamos com sites que nos geram lucros de xxxx€ por mês ou mais, não podemos querer gastar x€ mês em alojamneto e poupar em coisas que possam influenciar a estabilidade e prejudicar esses lucros.