O FastCGI tem de ser adicionado ao Apache na altura da compilação do Apache+PHP. O FastCGI básicamente corre os scripts usando apenas um processo sendo assim bem mais rápido que o CGI normal.
O "downside" é que ocupa mais memória no servidor, a vantagem é que o PHP, Perl, Python e outras linguagens correm muito mais rápido.
O FastCGI é normalmente habilitado a nivel do servidor. No caso de servidores IIS o FastCGI pode ser habilitado conta a conta (instancia do IIS).
No caso do apache é normalmente habilitado para todas as contas, mas editando manualmente o httpd.conf é possivel desabilitar.
Mais informação ->
http://en.wikipedia.org/wiki/FastCGISaudações