Eu penso que sim. Tudo o que está indexado será "esquecido".
De tal maneira acontece, que por vezes mesmo a mudar de hosting (depois os DNS, etc, etc) também influência um bocado, mas diz que acaba tudo no mesmo.
Mudando de domínio a coisa é diferente e perdes tudo.
Convém até não ter os 2 online, podendo o Google prejudicar por duplo-conteúdo!
Não te fies muito por mim. À quem diga que é má ideia!
Boa Sorte!