Boas,
Não sei se é o que pretendes mas a única forma de realmente formatares o disco completamente é efectuando uma formatação de baixo nível (Zero Fill), para isso existem alguns programas que te preenchem completamente o disco com 0's, no entanto uma formatação convencional efectuada com a instalação do novo windows vai limpar o antigo SO do disco não vais ter problemas se fizeres assim e a não sei que escolhas um 'upgrade ' na altura da instalação do windows, não vais ficar com o antigo SO no disco. Mas tens ai um tutorial sobre isso deixado pelo cremosin.
Cumps,
Zok