É natural... os CMS têm muita coisa que não interessa.

Eu uso o CMS (Joomla no meu caso) como "framework":
- não preciso estar a fazer coisas que já foram feitas 1000x melhores que eu conseguiria fazendo de raiz
- já centenas (milhares!) de outros programadores resolveram problemas que eu ainda nem sei que existem

Em suma, o CMS permite-me concentrar-me apenas naquilo que eu sei e quero fazer (conteúdo, um componente específico, etc.) - o "geral" já foi feito por outras pessoas muito mais competentes que eu.

No que respeita à segurança, o CMS até é mais seguro que qualquer coisa feita por mim de raiz: como é mais atacado, mais pessoas se aperceberam das falhas e mais pessoas lutam para as corrigir.

Se eu fosse fazer um site de raíz, mesmo que com apenas 10% das funcionalidades de um CMS, levaria 10x mais tempo, teria 10x mais problemas e seria 10x mais inseguro... e estou a ser otimista.

Portanto, vivós CMS!!!!

Mas espero bem que nos bancos não tenham feito os sites de netbanking em Joomla ou Drupal...