Eu também não sou expert no assunto mas podes reflectir nas minhas conclusões.
Imagina um armazém dividido em dois e ambos contem stock, de inicio ate mostra ser organizado, mas controlar dois espacos requer mais recusos (organizacao, local, qual a prateleira ....) assim se assemelha-se a um host, um espaço onde o server tem que entrar e sair entre as pastas para entregar o que o visitante pediu.
O WpMU em seu inicio da sua carreira não me inspirou grande confortabilidade mas nos dias de hoje será o wordpress" dos webmaster, permitindo optimizar tempo, recursos, espaço e mas algumas coisas ...
Existe algumas desvantagens claro.. não vejo que este afecte o teu caso.
Em relação a importação de dados existe ferramentas que te permite efectuar tal função sem perda (requer tempo para configurar em condições que requeres )
Algumas ferramentas que te pode mostrar interesse, são pagas mas existe gratuitas, só basta procurares por suas alternativas
https://premium.wpmudev.org/project/domain-mapping/
https://premium.wpmudev.org/project/multi-db/
https://premium.wpmudev.org/project/sitemaps-and-seo-wordpress-mu-style/
Aqui tambem tens alguns artigos onde podes dar uma vista
https://premium.wpmudev.org/blog/import-export-wordpress-sites-multisite/
https://premium.wpmudev.org/blog/migrating-multiple-blogs-into-wordpress-multisite/
Mas antes de alguma decisao, sem duvida que te aconselho a fazeres um teste e ver como resulta
Eu começava por procurar e escrever as ferramentas que necessitava,
entender um pouco como funciona a arquitectura das pastas, e como fazer elas funcionar a cada domínio
Testes em cima de Testes e ver se resulta, entanto se preferires não ter maçada sempre podes pagar a alguém profissional que te faça o serviço.
Best