Dá-me ideia que bastava só alterar CSS e alguns *.png ou semelhantes no template. Pelo menos é o que me dá a entender de modo a fazer o que se pretende, alterar cores e imagens. Penso eu que seja isso .
Muito sinceramente se é para mudar alguma coisa mais vale que seja logo bem feito de uma vez, isso de estar a usar programas que criem Templates não me parece nada bom.
Das duas uma, ou se usa um Template já feito para o joomla ou se cria um à medida.
Se optarmos por um já feito, temos que ter sempre em atenção às posições que oferece, à organização das pastas e ficheiros (visto que por vezes precisamos de alterar qualquer coisa e depois chegamos À conclusão que o código do template foi feito a martelo) etc.
Se quisermos fazer um de origem, o melhor é modificarem o BEEZ como o próprio Joomla recomenda na Documentação, é um template que usa e abusa das CSS e é muito intuitivo de sse alterar.
O link da documentação é
este e deixo aqui uma citação que me lembro muito bem.
The Beez template comes with the default installation. Don't be fooled by its outer appearance. It is powerful, accessible, and a great starting point for building your own CSS-driven template.
Resumindo, não se deixem levar pela aparência