Bem realmente tens de saber o seguinte:
Joomla / Wordpress é para gestão de conteúdos, podes por galerias, páginas, notícias etc... São os sites institucionais.
Magento / Prestashop são para lojas online, onde existe venda de produtos.
Que também é possível ter em Joomla / Wordpress mas isto apenas na minha opinião em pequena quantidade. Se for centenas de produtos tens de optar por magento ou prestashop bem isto na minha opinião, no fundo fundo cada script no seu lugar.
Todos eles se misturam. Existe plugins para que todos façam um pouco dos outros.
Todos eles podem ser optimizados com SEO.
