O problema é que o h1 representa o titulo e um site só tem um titulo e não vários. Ao google bot isso é muito facil de detectar e pelo que li, eles não querem.
estás equivocado. o H1 representa aquilo a que tu quiseres dar maior relevância, mas o correcto é dar-lhe título da *página*, não do site.
se eu tiver um site sobre veiculos, e tiver um página para carros, outra para motos, e outra para barcos, o H1 de cada página deveria ser sobre o título da página em questão (carro, motos ou barcos).
não esquecer também que para os bots qualquer página de um site é visto como um site em si, ou microsite se preferires.