Não, imagina metes o site, ou se quiseres o index, no .com e depois colocas o .pt em transparência (funcionalidade da amen que julgo estar presente nos outros), ele vai-te redireccionar sem mudar o dominio. Dou-te o exemplo com um dos meus o site principal é
www.standartwall.com mas se colocares
www.standartwall.pt é igual apenas perdes os links personalizados dos artigos mas escusas de deixar o .pt ou o .com a apanhar pó se servem os dois para o mesmo site. Basicamente, só tem uma importância qb mas sempre aproveitas ambos. Quanto a ser prejudicial no SEO, é capaz de ser mas tem graça que disparou as visitas, provavelmente coincidência, quanto ao conteúdo duplicado parece-me estranho mas se assim me confirmarem, retirarei, de imediato, o redireccionamento.