Usa subs.
imagina que o teu site cresce, como vais depois separar as apps por servidor?
cada sub é visto como um "dominio" novo, por isso se alguma das apps não tiver de acordo com as normas não és penalizado no dominio principal.
dou-te um exemplo, fiz umas experincias com cloacking de um subdominio e o sub ficou banido, o dominio ficou na mesma, se tivesse usado um directorio ficava com todo o dominio banido.
com os subs podes inclusive direcionar para um url onde parece directorio (que é como o google faz), se reparares qualquer app do google resolve tanto em app.google.com como em google.com/app (ex: adsense.google.com / google.com/adsense )
