Que eu saiba não existe nenhum programa. Contudo existem serviços pagos para este efeito.
Faz o seguinte (ler até ao fim antes de iniciar):
1- Faz um backup total do site atual (importante!!! se não fizeres backup e algo correr mal... )
2- Desinstala todos os plugins e temas que estejam "a mais"
3- Analisa e limpa o .htaccess, o wp-config.php e todos os ficheiros que estejam dentro do wp-content (zipa e faz download para o computador, abre os ficheiros com o notepad++ ou similar e depois "find & search", "find & replace", etc)
4- Elimina todos os ficheiros e pastas do site excepto o .htaccess, o wp-config.php e a pasta e ficheiros do wp-content
5- Faz o download do wordpress
6- Carrega para o servidor todos os ficheiros excepto o .htaccess, o wp-config.php
Visita uma dessas páginas que aparecem no google para ver se dá erro 404. Se sim, ótimo. Se não, então alguma coisa não correu bem na limpeza ou a infeção ocorre tb na base de dados.