Os dados estão sempre em risco, mesmo em raid 1 a controladora pode falhar, por isso é recomendado backups noutro disco ou mesmo noutro servidor para garantir os dados, a necessidade de fsck não quer dizer que haja algum problema com os dados.
Num disco existe 2 partes fundamentais, os blocos escritos e a tabela de ficheiros que indica em que bloco está o ficheiro, nome, entre outros pormenores, o que muitas vezes acontece é que essa tabela fica corrompida com alguns dados mal apagados e por isso o fsck vai corrigir a tabela sem que haja qualquer dano. A necessidade de um FSCK pode ter muitas razões e é complicado dizer o problema só por aí, tens que esperar pelo fim do fsck para te darem uma resposta mais completa.
Não sei que serviço tens, no caso do aluguer de servidores, e principalmente nas grandes empresas, reutilizam os discos de cliente para cliente e por vezes os clientes apanham com discos que já não estão muito bons e depois dá problemas.