Olá,
Pois no caso de haver conflitos com mods, o ideal é desinstalar os mods, actualizar o SMF, e então reinstalar os mods (preferencialmente se já tiverem sido actualizados pelos seus autores para a nova versão).
Para ser franco ainda não testei qualquer instalação do SMF 2.0, por isso não te consigo dar grande ajuda no problema com as Pretty Urls.