Se usas wordpress ou joomla ou outro qualquer sistema cms não podes dizer "cobro por fazer" mas sim "cobro por instalar e/ou modificar".
Instalar o que? O que fizeste... (denota-se que nunca deves ter trabalhado a serio com um CMS)
Os cms não passam de frameworks, com um backend e algumas p*** desnecessárias!
Agora o preço depende é claro da comlexidade do bicho. Eu trabalhotrabalhava à hora! Fixava um preço e via +/- quanto tempo ia gastar!
Depois divido por 2 ou 3 (dependendo do tamanho do valor inicial) e somo cumulativamente ao inicial!
Porque esta ultima soma... porque o cliente passa-se SEMPRE da cabeça com 'estupidezes' e/ou o trabalho pode correr mal e demorar mais tempo.
Precavejo-me tambem dos que no final vão para o pedido de desconto! dos que passado 2 meses querem alterar algo de borla, etcc.... E todas as outras dores de cabeça!
Se possuir elementos de programação que possa reaproveitar de trabalhos anteriores, estes não contam como ofertas, mas são sim tambem contablizados como tempo dispendido!
EDIT: Os ficheiros css e javscript ficam sempre num servidor à parte até ao pagamento ser totalmente feito. Não vá o cliente lembrar-se de não pagar o acordado... porque no final acha caro!
Até ja chegei ao cumulo de ter o javascript a fazer camadas asyncronas a php num outro servidor meu.
Apanhei com cada um... Empresas principalmente!