Basicamente:
Ele melhora a performance da aplicação PHP quando esta é compilada pelo Zend-Encoder, fazendo uma leitura mais rápida.
Além disto, o código compilado pelo Zend-Encoder é criptografado, ficando protegido contra cópia, o que impede que uma instalação comum do PHP (sem o Zend-Optimizer instalado) leia o código PHP criptografado.
Tens de ter root para instalar (kuase de certesa)