Não sou a melhor pessoa para te responder, mas eu diria que a nível de SEO não é necessariamente a maior desvantagem, visto o blogger pertencer ao GOOGLE e a Google ser o foco ao nível de SEO.
Para mim, as desvantagens são claramente as limitações, que são várias, desde do design, à estruturação, armazenamento, etc. Enquanto que no wordpress.org podes ter o blog como tu bem entenderes, no blogger já não é bem assim. Outra vantagem do wordpress em relaçao ao blogger é o nr. de plugins, que nem se compara.
As vantagens do blogger é ser um serviço complemente gratuito e seguro. Não precisas de alugar servidor nem estar muito preocupado com a segurança do blog.