Deves sempre incluir o NIF sé o comprador assim o desejar, o comprador pode querer uma factura simplificada. O IVA no caso de paises da UE é isento entre empresas, fora da UE a alfandega cobra IVA (penso que é assim que funciona) mas o melhor é informar nas Finanças.
Nem penses nisso, sé fores apanho e mais tarde ou mais cedo és apanhado só em Multas vai te sair muito caro, como referido anteriormente se nunca exerceste uma activade o primeiro ano estas isento, sé fizeres descontos por outra entidade também ficas isento e até 10.000€ de facturação não tens problemas com impostos. O IVA quem paga é o cliente final. Bom trabalho e informa te melhor nas Finanças.